El 17 de Junio de 1966, en Sesión No. 304. El Consejo Superior Universitario fundó el Centro Universitario de Oriente (CUO), en la Ciudad de San Miguel, como una extensión de los estudios universitarios de la Universidad Nacional de El Salvador hacia la Zona Oriental. Los Objetivos principales que motivaron su creación fue: Ampliar la capacidad de servicio docente de la Unidad.

• Satisfacer las necesidades educativas y culturales de la Zona Oriental.

• Contribuir con el desarrollo y progreso.

• Crear los instrumentos técnicos y culturales a sectores de la población que no tienen acceso a la Educación Universitaria.

• Descentralizar los servicios de Educación Superior.

Estos Objetivos aún siguen vigentes. En Abril de 1967, se adquirió un terreno de 108 manzanas de extensión en el Cantón el Jute a 6.5 kms. Al Sur Oriente de la Ciudad de San Miguel, donde se pretendía construir le Campus Universitario del CUO. Las actividades académicas se iniciaron el 17 de mayo de 1969, por lo que este año se cumplen 33 años de funcionamiento académico y este día 17 de junio, 36 años de su creación. El primer Director fue el Dr. José Vinnatea; y las actividades académicas se iniciaron a través de tres Departamentos que impartían el servicio de áreas comunes a todas las carreras de la Universidad.